厉害了，液体活检！cfDNA伴随诊断成功与此相关分析

序曲

最近，Grail正要投资10亿美元计划招募7000初诊胃癌和3000 有益人群，致力于血检以前病因标记物的整合[1]。肝脏监测要爆发了吗？从关键技术外行和适用者的角度吐槽一下固体活体的令人满意和当年景。抛砖引玉。正文固体活体与传统许多组织活体的优劣势尤其当年年初参加固体活体内阁会议的时候，还说道它离确实领域还远，FDA的Guide也含糊其词。一年多过去，之前有多款固体活体值得注意病因商品获FDA批准后，或之前想得到众多诊疗资料，正要审报了。固体(小鼠) 活体的的发展真是可以用日新年底异来嘲讽。固体活体主要除此以外肝脏之当年的循环巨噬细胞（circulating tumor cells，CTCs)， cell-free DNAs (cfDNA)， 外泌体（exosome）等。CTCs 火了几年，在2013年到达极高峰后辨认出领域有许多局限于，被短时间内发展壮大的cfDNA取代。外泌体辨认出还尤其新，虽然的发展短时间内，但离领域还有距离。这里主要讨论cfDNA的令人满意，主要是值得注意病因和本品实时方面的领域。血检与许多组织监测远比战术上在于：便捷，快速，即时，低价，超音波。更加重要的是，血检很难挽回许多许多组织电子设备难以获得 (when tissue is an issue)，或许多组织电子设备数量、质量不极高的患儿获得抗病毒疗法，或参与诊疗研究的机遇。比如，完成超过30，000诊疗检验的Guardant Health引述，血检作法挽回了极极低50.2%的诊疗患儿的抗病毒特异性遗传的信息，这些患儿要么许多组织电子设备难以获得，要么电子设备质量不极高，从未监测到其会特异性。不是所有巨噬细胞都会将特异性的碎片DNA释放到肝脏之当年，相同品种的的血检检出领军也不赞同。据Guardant Health的引述，肝癌检出领军最极高，约为92%，非小巨噬细胞肝癌89%，最高于的胶质母巨噬细胞瘤检出领军只有57%。这是血检的最大的举则有来说硬伤之一。也是许多组织活体忘记都有实用性的依据所在 (仍旧是金标准)。小鼠cfDNA监测还有许多其它原创性因素所，比如：· DNA片段小，50-200 bp（峰值165 bp）。· 半衰期短，30 分钟，之前稳定。· 高于纯度/丰度：高于nM/mL 小鼠。· 随着治果的降高于，DNA百分比大幅缩减。· 较长时间巨噬细胞DNA的酸雨。血检在非小巨噬细胞肝癌的领域随着关键技术的普及化，血检之前取得非常大的成功。血检令人满意较快和最未成熟的也是显现出最十分困难需求的是肝癌抗病毒疗法的值得注意病因。肝癌病症多，存活领军极高，抗病毒本品研发令人满意快。同时肝癌许多组织取样十分困难，险恶，容易其会并发症。肝癌诊疗外科医生和患儿对血检的需求是最积极的。肝癌血检令人满意较快的是EGFR敏感特异性的监测。EGFR特异性在亚洲地区人群占非小巨噬细胞肝癌的15%以上，是个尤其多的患儿人群。在国内百分比极极低25%以上。FDA去年之前批准后了Roche的cobas血检试剂盒可用一线EGFR特异性的嘧啶激酶小分子值得注意病因 (2016-6-1)，以及二线三代AZD9291（TAGRISSO）的值得注意病因 (2016-9-28)。根据之前发表的EGFR T790M阳性患儿的资料，许多组织活体想得到的诊疗研究资料某种程度应答领军（ORR）为62%，无令人满意生存期（PFS）为9.7个年底，血检的ORR为63%，PFS为9.7年底。二者资料极为相吻合[2]。血检与许多组织活体赞同性也很极高。许多其它的子公司商品之当年都构成EGFR的特异性监测。一小未未成熟血检试剂盒汇总阿斯利康 (AZD) 花费了大量的精力来监测三代AZD9291的获得性耐药性特异性当年提，最近的报告资料表明约有20%的耐药性特异性由C797S特异性组合而成 (100 则有患儿资料)，即特异性了AZD9291的共价混合肽链。这个百分比比以当年的引述要高于[3]。憧憬后续的许多组织活体资料引述，可以尤其二者的赞同性。其它的特异性多为零散分布。同时，AZD也在监测内在 (原发) 特异性当年提，更加多的资料在明年的AACR上应当有更加新。至于用NGS多组合(panel) 监测，Guardant Health 在另一款Guardant 360后，又促使另一款Guardian 500+， 与多个大型医药子公司合作，可用诊疗监测，筛选潜在的相关特异性遗传。这与NCI正在完成的伞式（umbrella）和篮式（basket）诊疗研究的要能是相吻合的。即大规模筛选患儿人群的可抗病毒特异性，推进，加速抗病毒本品的适用和整合进程。当然，组合也不是越大越好，如果崭露头角的特异性遗传不是传动装置其会特异性，或者不能不抗病毒，不能对治疗提供病因本质，本质或许不大，徒增成本。NGS panel与PCR作法远比，代表了未来更加先进的关键技术。当当年，适用者用相同子公司的商品得出的结果差异性还极大[4]。AZD的转化部门的VP Carl Barrett 甚至说明了几种主流商品20%相吻合领军的值，更让人大掉下巴。Barrett提到，正在用未未成熟的小鼠和许多组织电子设备来尤其相同子公司的商品的可靠性，结果显然会在明年AACR年会后出炉。看来，远比PCR的作法，NGS在血检上还需要促使继续提极高敏感性和赞同性。从葛兰素史克出炉的ALK 相混合特异性3代ALK衍生物Lorlatinib的小鼠cfDNA ALK特异性诊疗资料，我们很难想得到哪些有用的信息呢？他们用的是BEAMing dPCR 的作法[5]。引人注意感到原作者对作法的适应性极为不满，因为ALK的耐药性特异性品种少，得随着诊疗令人满意随之调整PCR引物和反应条件。从38则有患儿的小鼠cfDNA之当年，监测到有14则有患儿有ALK耐药性特异性。这个百分比与以当年引述的许多组织监测资料相当。同时，ALK的特异性品种，百分比分布模式也与以当年的引述类似。小鼠活体与以当年的许多组织活体远比，很难监测到更加丰富的瞬时。特异性的异质性再次想得到验证。以当年许多组织检查的结果，极少耐药性特异性为ALK单一特异性，只有个别是双特异性。但小鼠监测到的结果则表明，有一半的患儿的ALK耐药性特异性等于或多于2个特异性，总共的有4个特异性。Lorlatinib的ALK活性大大提极高，比一代ALK衍生物Crizotinib的活性提极高了20-50倍，诊疗当年资料表明，它很难克服几乎所有的ALK耐药性特异性，比如说对除此以外特异性L1196M有极极高的活性。但更让人困惑地是，在所有构成L1196M的六则有特异性患儿之当年，有三则有归属于有效率反应，另外三则有优点不佳。根据以当年的引述，优点不佳的患儿，有极大的显然性是由于Src活性降高于引致的内在抗药当年提叠加招致的[6]。Src腺苷活性降高于难以用遗传监测的作法检视到，才会借助受体组学的信息。这也从侧面看出出遗传监测不是万能的，还要与其它有效率的作法借鉴，互补。Lorlatinib的ALK耐药性特异性有一则有引述，即L1198F[7]。（小鼠活体的结果之当年还从未辨认出或多或少的特异性）这个新的耐药性特异性不能被二代ALK衍生物克服，却对一代ALK衍生物Crizotinib非常敏感，从而形成一个良性循环 (loop) 本品选择，把恶性化为可控制的疾病。这应当是在辨认出事与愿违治愈关键技术手段之当年我们对抗病毒疗法为了让之当年期望的“小要能”了。血检在结肺癌、肠膀胱癌上的领域除了肝癌，中期转移性结肺癌（mCRC）是血检的发展较快的。即KRAS特异性的监测。它不是可用KRAS本身的抗病毒（还从未有效率的并不需要抗病毒本品，本品有机化学家多多！），而是用来指导EGFR免疫本品 (如cetuximab)，即有RAS野生型的患儿对EGFR免疫有效率，KRAS特异性的患儿优点不显着。瑞典的Merck在这个斜向最积极。与Sysmex合作整合OncoBEAM监测电子设备可用KRAS诊疗值得注意监测，与许多组织活体的赞同性达到>92%[8]。与Biocartis合作整合傻瓜型病因一体化电子设备（研究用）。只要把1mL小鼠加入到监测电子设备之当年，130 分钟后自动出结果。称得上10岁的小女孩就可以操作。除了值得注意病因，KRAS血检还可以可用本品治果，指导本品，复发立即。如有引述的患儿，EGFR免疫适用引致野生型的RAS遭遇特异性，胃癌令人满意后建议停止适用EGFR免疫，并适用其它治疗作法，等KRAS特异性监测圆形阴性后，可以继续适用EGFR免疫。这些便捷，灵敏，对患儿友好的RAS特异性稳定状态的动态监测，正是血检的战术上所在，受到外科医生患儿的积极响应。虽然KRAS特异性在非小巨噬细胞肝癌之当年占的百分比极极低25%以上，但由于从未有效率的并不需要抗病毒KRAS的本品可以适用，所以KRAS特异性信息在肝癌患儿之当年对治疗的指导本质当当年还很有限，好在免疫疗法对KRAS特异性应答领军还亮眼。最近在EORTC-NCI-AACR内阁会议上引述的肠膀胱癌（GISTs）的一期诊疗过程之当年，完美地领域了固体活体的关键技术手段，cKIT和PDGFR的耐药性特异性动态变化。Imatinib（Gleevec）在CML显现出耐久神药的称号，但在在肠胃的抗病毒特异性上，却便就显现出了耐药性特异性。BLU-285和DCC-2618就是设计出来的二代，用来克服一代的耐药性特异性。除此以外血样固体活体很难及时，准确的诊疗本品的适用优点[9]。看来，以后抗病毒耐药性诊疗研究的固体活体有逐渐要成为标准监测之一的倾向。血检cfDNA的其它领域当年景随着cfDNA关键技术的普及化和未成熟，用除此以外肝脏cfDNA电子设备来大规模筛查罕见传动装置其会特异性获得了极好的机遇，比如TRKA， B， C 相混合特异性在几乎大极少类型之当年都有强调，但百分比都不极高[10]。这样，即使有极好的TRK小分子衍生物，因为病症招募极为十分困难，本品整合令人满意缓慢。如果除此以外血检panel很难想得到大力推广，本品诊疗整合可以大大提速。其它的则有子犀牛在非小巨噬细胞肝癌，c-RET的相混合特异性有1-2%，c-MET 位点14剪切特异性在肝癌有2-4%等，都是传动装置其会特异性，却因为病症数量尤其较少，严重阻碍了小分子本品诊疗整合令人满意与获批[11]。乳腺癌之当年的PIK3CA 特异性，黑素瘤之当年的BRAF（V600E）也是固体血检的研究热点。用小鼠cfDNA的关键技术手段来监测遗传的过量强调还极为十分困难。很多时候，cfDNA的强调量与许多组织除此以外受体强调纯度不成正比。像乳腺癌的HER2监测显然还要更加多的依赖于传统许多组织监测关键技术手段。至于许多其他的类型，比如说是其会特异性遗传不明确，抗病毒本品缺少的情形，血检的更为重要和十分困难需要还不是很引人注意。随着免疫疗法诊疗资料的随之积累，大规模的NGS血检资料比如说可以辅助预判免疫反应的概领军，用来指导潜在的本品组合。这应当是非常遥远的要能。之前，最具社会实用性的领域之一是胃癌比如说是肝癌的以前病因了。肝癌某种程度5年准确领军只有18%。如果很难以前辨认出，一期的五年准确领军极极低45-49%，二期也有30%。三期14%，四期只有1% (美国胃癌协会网站统计，2000年的少有的以前资料，现在肝癌中期准确领军应当提极高了很多，见[11])。由于肝癌归属于看不见，摸不着的类型，同时以前中风时病因也不引人注意，导致极少患儿患病时已是中期。固体血检以前病因还处在停滞不前阶段，也是Grail要努力的斜向。当然，泼冷水的也大有人在，批评他们好极高骛远，搞极高大上全， 不如来点实在的[1]。我说道这是一个有当年景的斜向，比如说值得慈善基金投资。